2007年，内蒙古自治区审计厅根据审计署的统一部署对农行内蒙古分行进行了审计，审计共查出违纪违规问题43个，金额405759万元，查出并移送司法机关涉嫌伪造公章、侵占公款案件1起。内蒙古农行对审计查出的问题非常重视，多次召开会议研究整改措施，制定完善了有关制度。截至2008年8月，审计查出的问题全部整改完毕，审计决定得到全面落实，并由纪检监察部门牵头，对审计查出的问题逐项落实追究责任，共对7名处级干部在内的120人进行了处罚处分，其中：撤职处理2人，下岗清收3人，开除9人，警告处分1人，记过处分6人，通报批评37人，解除劳动合同2人，罚款处理58人，扣发一个季度效益工资2人，并对4个支行在全农行范围内通报批评。